وهي الإنزيمات الذي تحفز الترتيب الجزيئي الداخلي دون تغير في تركيز المركبات عدا المواد الأساس، حيث تحول المواد الأساس إلى مناظراتها البصرية والهندسية الموضعية وتشمل الإنزيمات التالية racemases, epimerases, mutases isomerases ومن هذه الإنزيمات حسب نظام التسمية الحديثة هـي:

E.C 5.1.3.2 UDP-glucose epimerase

E.C 5.3.1.1 triose phosphate isomerase

E.C 5.2.1.3 retinene isomerase

E.C 5.1.3.1 ribulose phosphate-3-epimerase