الأهداف الرئيسية لعلم التقسيم النبات

1- حصر وتعريف جميع أنواع الكائنات التي تتبع المملكة النباتية .

2- وضع أسس مقبولة لتعريف ، وتسمية ، ووصف الأنواع النباتية المختلفة سواء كانت نباتات حديثة معاصرة أو حفريات .

3- ترتيب النباتات في مجموعات من أفراد متشابهة ترتبط ببعضها البعض بدرجة أكبر مما ترتبط به مع أفراد المجموعات الأخرى ، ووضع نظام تقسيمي يهدف إلى توضيح صلات النسب وأواصر القرابة بين النباتات يقوم على التطور السالف لهذه النباتات .

4- وضع تصور للعلاقات التطورية ، والصلات التي تربط النباتات ببعضها البعض .

5- الاستفادة من دراسته في العلوم التطبيقية كالمحاصيل والخضر والفاكهة والزينة وأمراض النبات والميكروبيولوجي .