أما عن عيوب الطاقة المنتجة من القوى المائية ما يلي:

1- اقامة محطات تقوية عند نقل التيار لمسافات بعيدة.

2- لا يمكن تخزينها بخلاف مصادر الطاقة الأخرى كالفحم والبترول.

3- تغير منسوب المياه وبخاصة وقت الفيضان.

4- عرقلة الملاحة النهرية في حالة بناء السدود.

5- تغير مواسم الطلب على الكهرباء بين الصيف والشتاء.   تغير منسوب مياه الأنهار وبخاصة الموسمية منها مما يؤثر على توليد الطاقة سلباً أم إيجاباً.

6- التذبذب في التحميل بين فصل الشتاء الذي يحتاج إلى طاقة كبيرة وبين الصيف الذي لا يحتاج إلى طاقة.