تستخدم الاختصارات لتسمية الأحماض الأمينية الموجودة في   الببتيدات

يمكن استخدام نوعي الاختصارات (أحادية وثلاثية لأحرف) (الجدول 4-(1 لتمثيل البنية الأولية للبروتينات (الشكل 5-2. وتمثل الاختصارات ثلاثية الأحرف المتصلة بخطوط مستقيمة البنية الأولية المعروفة وغير الملتبسة، وتحذف الخطوط السابقة عند استخدام الاختصارات أحادية الحرف أما عندما نكون غير متأكدين من تسلسل الأحماض الأمينية في جزء من عديد الببتيد ، فنقوم بوضع الاختصارات بين قوسين مفصولة عن بعضها  بفواصل (،) (الشكل 5-(3.