إن الجينات التي تتحكم في الجنس وإظهاره في الكائنات الراقية تكون محصورة بزوج من الكروموسومات وهي الجنسية Sex Chromosomes تمييزاً لها عن الكروموسومات الجسمية Autosomal Chromosomes.

ومن أهم الكروموسومات الجنسية هي:

1- الكروموسوم X :

 هو أحد كروموسومات الجنس في العديد من الأنواع الحيوانية، بما في ذلك الثدييات، يبلغ حجم الكروموسوم X ثلاثة أمثال حجم الكروموسوم Y تقريبا، ويرتبط هذا الاختلاف الكبير بين حجم الكروموسومات باختلاف عدد الجينات التي تُحمل على كل كروموسوم فهو يضم حوالي 2000 جين مقارنةً بالكروموسوم Y الذي يضم نحو 55 جين، إذ أن أغلب الجينات الحيوية تقع على كروموسوم X، وعلى الرغم من أن بعض الجينات التي تقع على الكروموسومين X و Y متماثلة، إلا أن معظمها مختلفة.

تمتلك إناث اللبائن اثنين من الكروموسومات X في كل خلية، وفي المراحل الأولى للنمو الجنيني تنشط آلية خاصة تعمل بشكل عشوائي على تعطيل إحدى كروموسومي X في كل الخلايا الجسمية فيستمر أحدهما في العمل والتعبير عن جيناته عند تعطيل الآخر من أجل تجنب انتاج كمية مضاعفة من البروتينات ولعدم احتياج الخلية الانثوية اليه، وتدعى هذه الظاهرة بتعطيل الكروموسوم إكس inactivation X .

إن إحدى أشكال الركوموسوم المعطل هو في معظم الخلايا الجسمية للإناث الاعتيادية الذي يظهر على شكل تركيب صغير جداً يدعى بأجسام بار Barr Body (نسبة إلى مكتشفه موري بار Murrary Barr والذي وصفه لأول مرة عام 1949م) أبعاده تبلغ 1 مايكروميتر ويقع قريباً من الغشاء الداخلي للنواة ويمكن إن يترافق مع النوية في الخلايا العصبية.

2 - كروموسوم Y

تساعد الجينات المحمولة على هذا الكروموسوم في التحكم في الوظائف التناسلية المهمة، بما في ذلك إنتاج الحيوانات المنوية، فضلاً عن دورها في الاستعداد الوراثي للإصابة بالسرطان وشدته.

ينتقل هذا الكروموسوم بشكل حصري من الأب إلى الأبناء الذكور، معدل طوله في الإنسان أكبر من الكروموسوم X ويبلغ حوالي 1.8 مايكروميتر الذي يختلف باختلاف الرجال، ومهمته هي تحديد الجنس، فهو كروموسوم خامل وراثياً يحمل عدد قليل من الجينات لأن 97% تقريباً من الجينات الموجودة فيه تكون عاطلة. لقد ثبت أن هذا الكروموسوم يصعب التعرف عليه بسبب تركيبه المعقد، لكنه وفي آب 2023 ، تمكن باحثون أمريكان من فك شفرته الوراثية بكشف أكثر من 50 % من طول الكروموسوم الذي كان مفقوداً في خرائط الجينوم البشري السابقة من خلال إنهاء أول تسلسل كامل لهذا الكروموسوم في إنجاز يمكن أن يساعد في توجيه البحوث المتعلقة بعقم الرجال، علماً أنه في 2020م تم نشر التسلسل الكامل للكروموسوم X.