يتضمن التركيب البنائي الثانوي كيفية التفاف أو التواء سلسلتين أو أكثر من السلاسل الببتيدية في الإنزيمات متعددة السلاسل الببتيدية قصيرة السلسلة oligoneric لتكوين أشكال متخصصة وثابتة عن طريق أواصر هيدروجينية وهو ما يطلق عليه التركيب البنائي الشكلي أو التكويني conformation حيث تلتف السلاسل مع بعضها بشكل حلزوني مما يحدد نوع التوزيع الفراغي المجسم للإنزيمات والذي يتكون بواسطة الأواصر الهيدروجينية بين مجاميع NH وC=O وقد تتكون ضمن monomeric enzymesوoligomeric enzymes ويتضمن التركيب البنائي أشكال مختلفة هي:

 أ. الحلزون ألفا α-helix: وهو يتضمن سلسلتين ببتيديتين أو أكثر تلتف حول بعضها البعض الآخر التفافا حلزونيا مما يكون الشكل الحلزوني وطول اللغة الواحدة يصل 3,6 وحدة حامض أميني لكل دورة من المنحني حيث تبرز مجاميع R إلى الخارج من العمود الفقري للسلسلة الببتيدية والشكل الحلزوني ناتج عن وجود الأواصر الهيدروجينية التي تربط أوكسجين الكربونيل ونتروجين الامايد ويلاحظ بأن أواصر الببتيد تتعاقب بمسافات منتظمة لذلك تكون أيضا منتظمة.

ب. الصفيحة المطوية من نوع بيتا plated sheet-: يحصل ترتيب سلاسل الببتيد للإنزيم على امتداد بعضها البعض الآخر لتكوين أشكالا تعرف بالصفائح المطوية الذي تكون مستقرة بسبب وجود الأواصر الهيدروجينية التي تربط مجموعة الكربونيل مع مجموعة الامايد حيث تكون مجاميع R الذي تقع في أعلى الصفائح وأسفلها ونتيجة للدراسات التي أجريت على إنزيم الرايبونيوكليز البقري باستعمال طريقة الانكسار للأشعة السينية الذي بين بان الأبعاد الجزيئية للإنزيم هي حوالي 2.2X   3.2 2.8 x نانوميتر كما لاحظت الدراسة وجود قليل من الحلزون ألفا في دورتين في منطقة الأحماض الأمينية في المواقع من 2 - 12 ودورتين أخرى قريبة من الأحماض الأمينية في المواقع من 28-35 ويكون التركيب البنائي للإنزيم اكثر ظاهريا مقارنة مع البروتينات ولا يوجد قسما منه مخفي كما يوجد أيون الفوسفيت في الموقع التحفيزي للإنزيم قريب من الحامض الأميني للهستدين في الموقع 12,119 واللايسين في الموقع 7,41 حيث أن الحامض الأميني المستدين في الموقع 48 يتضمن الموقع التحفيزي ويعمل إنزيم subtilisin على تشقق الإنزيم إلى سلسلة ببتيدية S قصيرة وبروتين S طويل مع فقد النشاط الإنزيمي.