يمكن تصنيف البروتينات على أساس تركيبها الكيمياوي إلى:

أ- بروتينات بسيطة simple protein

ب- بروتينات مقترنة conjugated protein

والبروتينات البسيطة هي البروتينات التي عند تحللها لا تنتج إلا أحماض امينية أو مشتقاتها تشمل البروتينات البسيطة ما يلي

1. البروتامينات: - وهي بروتينات ذات وزن جزيئي منخفض تحتوي بشكل رئيسي على الأحماض الامينية القاعدية مثل الارجنين تذوب في الماء ولا تتخثر بالحرارة من الأمثلة على هذا النوع من البروتينات هو بروتين السالمين في سمك السالمون.

2. الهستونات: - وهي بروتينات قاعدية أيضا وهي لا تحتوي على الحامض الاميني تربتوفان من الأمثلة عليها هي الهستونات النووية.

3 الالبومينات -: Albumins تذوب في الماء وتتخثر بالحرارة من الأمثلة عليها مصل ألبومين البيض.

4. الكلوبيولينات: - تكون غنية بالحامض الامينين كلوتاميك واسبارتك وتنتشر بشكل كبير في السوائل البايولوجية كالدم والمصل وهي مثل مايوسين العضلات وكلوبيولين البيض

5. الكلوتيولينات-:  تكون غنية بالأحماض الأمينية الكلوماتيك والارجنين والبرولين توجد بشكل خاص في الحبوب ومن الأمثلة عليها كلوتين طحين الحنطة.

6. السكلروبروتينات-:  هي البروتينات ذات التركيب الليفي مثل الكيراتين والكولاجين والايلاستين

ب. بروتينات مقترنة conjugated protein.تدعى أيضا بالبروتينات غير المتجانسة وهي بروتينات تتألف من سلسلة أو سلاسل متعدد الببتيد مع مركبات ذات طبيعة كيمياوية مختلفة مثل السكريات واللبيدات والمعادن ....... الخ وتشمل الأنواع التالية:

1. الفوسفوبروتينات مثل كازائين الحليب

2. الكلايكوبروتين: وهي بروتينات غير متجانسة تتكون من اتحاد السكر مع جزء بروتيني ومن الأمثلة عليها هي الفاكلايكوبروتين لبلازما الدم.

3. الكروموبروتينات وتشمل الصبغات التنفسية مثل الهيموغلوبين وهيموسيانين وكذلك السايتوكرومات إضافة إلى صبغة العين

(رودبسين)

 4. الليبوبروتينات.

5. البروتينات النووية.