تمتلك جزيئات البروتين تنظيمات تركيبية معينة وهذه تشمل التركيب الأولي primary structure والتركيب الثانوي secondary structure والثالثي tertiary structureوالرابعي Quarternary structure.

1 - التركيب الأولي primary structure: - أن الآصرة الببتيدية هي الآصرة الوحيدة التي تشترك في التركيب الأولي والذي يشير إلى انتظام الأحماض الامينية في السلسلة أو السلاسل الببتيدية التي تؤلف ذلك البروتين ويتطابق عادة تسلسل الأحماض الامينية لجزيئات أي بروتين معين في النوع الواحد من الكائنات الحية.

 2 - التركيب الثانوي secondary structure - يشير هذا النوع إلى كيفية التواء وانطواء سلسلة اوسلاسل ببتيدية للبروتينات في الحالة الطبيعية على امتداد محور واحد وان هذا الالتواء تقوم بتثبيته الأواصر الهيدروجينية والأواصر ثنائية الكبريت

bonds disulfide وان التركيب الثانوي للبروتين يتمثل بالأنواع المختلفة الاتية: -

أ- المنحنى الحلزوني ألفا α - helix حيث أن هذا التركيب يتمثل في بناء البروتين الليفي المسمى. α-keratin

ب - الصفائح المسطحة pleated sheet-يتمثل هذا التركيب في بناء البروتين الليفي fibrin وهو البروتين الليفي للحرير.

ج - منحني الحلزون الثلاثي triple helix يتمثل هذا التركيب في بناء البروتين الليفي كولاجين حيث تلتوي ثلاث سلاسل من متعدد الببتيد حول بعضها لتكون منحينا حلزونيا ثلاثيا

3- التركيب الثالثي tertiary structure - يمثل هذا التركيب الشكل الثلاثي الأبعاد للبروتين الكروي ويتوضح في التفافات أخرى إضافة لالتفاتات البناء الثانوي وعلى امتداد أكثر من محور واحد لسلاسل متعدد الببتيد المكونة لجزيئة البروتين. أن الأواصر والقوى التي تحافظ على التركيب الثانوي والثالثي للبروتين هي: -

1. الأواصر الهيدروجينية Hydrogen bonds التي تتكون من مجموعات الكاربوكسيل والأمين وخاصة للأحماض الاميني، Glu وAsp

2. الأواصر الأيونية او ما تسمى بالملحية ما بين الأحماض الامينية القاعدية مثل Arg,Lys والحامضية Glu,Asp

3. الأواصر ثنائية الكبريت Disulfide bonds في الأحماض الامينية الكبريتيدية cystine

4. أواصر الأحماض الامينية الكارهة للماء Hydrophobic bonds للأحماض الامينية الكارهه للماء مثل Leu, Val, lle, phe

5. قوى فاندر فال Vander walles forces وهي قوى تظهر عندما تتقارب الجزيئات بمسافة قليلة تصل إلى عدة انكسترومات (الانكستروم ^8-10سم)

4- التركيب الرابعي للبروتين Quaternary structure –  يشير هذا التركيب إلى الطريقة التي تتنظم (تتلاءم) فيها عدد من السلاسل الببتيدية مع بعضها لتكوين وحدة كبيرة لجزيئة بروتين معين فجزيئة الهيموغلوبين مثلا تتكون من أربعة سلاسل ببتيدية اثنان من نوع α واثنان من نوع ß وهذه السلاسل الأربعة تنتظم مع بعضها بطريقة معينة لتكون جزيئة هيموغلوبين كاملة وتحافظ على هذا التركيب نفس الأواصر الموجودة في التركيب الثالثي والتي ذكرت انفا.