تسمى المتعضيات (organisms) السابحة في الماء عوالق (planktons). وتقسم العوالق إلى عوالق نباتية (phytoplankton) وعوالق حيوانية (zooplankton). والمتعضيات المكروية التي توجد في الرواسب أو عليها في قاع تجمع مائي تمثل جزءاً من أحياء الأعماق (benthos) وتسمى متعضيات الأعماق benthic). وتُعتبر بيئة التربة أيضاً بيتاً لمجتمعات من المتعضيات المكروية.

ثمة عدة طرائق لتصنيف المتعضيات المكروية في الماء والتربة. وتتصف كل طريقة بأنها مفيدة في وصف سمات معينة ذات أهمية في دراسات الكيمياء البيئية. وسوف نبدأ بعرض تعريفات موجودة في بعض تلك الطرائق.