تساهم عدة ثمالات أمينوأسيل في تشكيل المقر الفعال:

ما هي أجزاء الإنزيم التي تساهم في مقره الفعال، وتشكل أجزاء منه؟ إن أفضل إجابة عن هذا السؤال تأتي من تفحص البتية ثلاثية الأبعاد للمركب الثالثي Ternary) (ثلاثة المكونات) المتشكل بين الإنزيم وركيزتيه. ولكن وجود الركائز سيؤدي إلى حدوث التحفيز (حتى في حالة التبلور) مما يعقد تفسير المعطيات. ولذلك ثبت أنه من المفيد تفحص بنية ما يسمى المركبات المجهضة المكونة من ركيزة واحدة وناتج واحد أو من الإنزيم والركيزة ومضاهئ منتبط. وتؤمن هذه المركبات، والتي لا يكن أن تخضع للتنقلب، شبيهاً للعقر الفعال خلال الخطوة الأولية من التحفيز ألا وهي ارتباط الركيزة. وتظهر هذه الدراسات أن عدداً من ثعالات الأميتوأسيل يكون على تماس مع الركائز المرتبطة أو التمائم الإنزيمية المرتبطة، ومن ثم فهي تشكل جزءاً من المقر الفعال.

تملي  الخاصية ثلاثية الأبعاد للمواقع الفعالة ظهورها بالشكل الأمثل على شاشات الحاسوب باستخدام برامج حاسوبية تسمح بتدوير البنية في كافة الاتجاهات وتصغير وتكبير الأجزاء المعنية وإظهار البينة بأبعادها الثلاثة. ولا تسمح حدود الصفحة المطبوعة برسم كامل للمواقع الفعالة؛ ولكن ممكن تسجيل بعض حالات التعميم.